TOKİ'den yapılan açıklamada, 2006 yılından beri, kamu kuruluşlarıyla yapılan protokoller çerçevesinde yapılar inşa edildiği ve bu çerçevede 15 bakanlık, 27 üniversite, 14 belediye, valilikler ve diğer kurumlarla 153 ’ü arsa karşılığı hasılat protokolü olmak üzere toplam 209 protokol yapıldığı kaydedildi. Açıklamada, ilgili idarelerle protokol kapsamında yapılan binaların maliyetlerinin bakanlıkların bütçe ödeneğinden karşılandığı kaydedilerek, Cumhurbaşkanlığı Sarayı da bu çerçevede inşa edildiği ifade edildi.

TOKİ'nin 297 milyon lira alacağı olduğu iddialarının yalanlandığı açıklamada şöyle denildi; "Cumhurbaşkanlığı Sarayı ’nın inşasından dolayı Toplu Konut İdaresi ’nin 297 milyon alacağı olduğu' iddiasıyla yayımlanan haberler doğru değildir. TOKİ ’nin, Cumhurbaşkanlığı binasının inşası ile ilgili ödenen hak edişlerinden doğmuş bir alacağı yoktur. Binanın inşa edildiği arazinin Orman ve Su İşleri Bakanlığı ’na ait olmasından dolayı araziden kaynaklı doğan alacak ise ilgili kurumlar arasında yapılacak görüşmeler neticesinde sonuçlandırılacaktır."